袋に入れたまま保存出来ますか？

問題ございません。
ただし、密封された袋を入れた状態で容器を真空にすると、袋の中と容器内の気圧差によって袋が膨らみ、袋が裂ける可能性があります。

袋に入れて保存する場合は、袋に空気穴を開けてから保存してください。